DO NOT WORRY IF YOU HAVE PRODUCTS OR ORDERS IN YOUR DB, THIS IS SAFE and TESTED.
Whenever we will upgrade magento 2.3.X version to magento 2.4.3 at that time Multi Source Inventory Issue happens. To solve that issue need to follow below steps.
Step #1 First Disable all MSI extension
php bin/magento module:disable Magento_Inventory Magento_InventoryAdminUi Magento_InventoryApi Magento_InventoryBundleProduct Magento_InventoryBundleProductAdminUi Magento_InventoryCatalog Magento_InventorySales Magento_InventoryCatalogAdminUi Magento_InventoryCatalogApi Magento_InventoryCatalogSearch Magento_InventoryConfigurableProduct Magento_InventoryConfigurableProductIndexer Magento_InventoryConfiguration Magento_InventoryConfigurationApi Magento_InventoryDistanceBasedSourceSelectionAdminUi Magento_InventoryDistanceBasedSourceSelectionApi Magento_InventoryElasticsearch Magento_InventoryExportStockApi Magento_InventoryIndexer Magento_InventorySalesApi Magento_InventoryGroupedProduct Magento_InventoryGroupedProductAdminUi Magento_InventoryGroupedProductIndexer Magento_InventoryImportExport Magento_InventorySourceSelectionApi Magento_InventoryCache Magento_InventoryLowQuantityNotification Magento_InventoryLowQuantityNotificationApi Magento_InventoryMultiDimensionalIndexerApi Magento_InventoryProductAlert Magento_InventoryReservations Magento_InventoryReservationCli Magento_InventoryReservationsApi Magento_InventoryExportStock Magento_InventorySalesAdminUi Magento_CatalogInventoryGraphQl Magento_InventorySalesFrontendUi Magento_InventorySetupFixtureGenerator Magento_InventoryShipping Magento_InventoryShippingAdminUi Magento_InventorySourceDeductionApi Magento_InventorySourceSelection Magento_InventoryConfigurableProductAdminUi Magento_InventoryLowQuantityNotificationAdminUi Magento_InventoryBundleProductIndexer Magento_InventoryCatalogSearchBundleProduct Magento_InventoryCatalogSearchConfigurableProduct Magento_InventoryInStorePickupAdminUi Magento_InventoryInStorePickup Magento_InventoryInStorePickupQuote Magento_InventoryQuoteGraphQl Magento_InventoryVisualMerchandiser Magento_InventoryInStorePickupSalesAdminUi Magento_InventoryGraphQl Magento_InventoryAdvancedCheckout Magento_InventoryCatalogFrontendUi Magento_InventoryDistanceBasedSourceSelection Magento_InventoryInStorePickupApi Magento_InventoryInStorePickupGraphQl Magento_InventoryInStorePickupSales Magento_InventoryInStorePickupShipping Magento_InventoryRequisitionList Magento_InventoryInStorePickupFrontend Magento_InventoryConfigurableProductFrontendUi Magento_InventoryBundleImportExport
Step #2 Run magento s:up and magento s:s:d -f command
Step #3: Check will inventory_source_item and inventory_source_stock_link table removed
Step #4: Enable all MSI extension
php bin/magento module:enable Magento_Inventory Magento_InventoryAdminUi Magento_InventoryApi Magento_InventoryBundleProduct Magento_InventoryBundleProductAdminUi Magento_InventoryCatalog Magento_InventorySales Magento_InventoryCatalogAdminUi Magento_InventoryCatalogApi Magento_InventoryCatalogSearch Magento_InventoryConfigurableProduct Magento_InventoryConfigurableProductIndexer Magento_InventoryConfiguration Magento_InventoryConfigurationApi Magento_InventoryDistanceBasedSourceSelectionAdminUi Magento_InventoryDistanceBasedSourceSelectionApi Magento_InventoryElasticsearch Magento_InventoryExportStockApi Magento_InventoryIndexer Magento_InventorySalesApi Magento_InventoryGroupedProduct Magento_InventoryGroupedProductAdminUi Magento_InventoryGroupedProductIndexer Magento_InventoryImportExport Magento_InventorySourceSelectionApi Magento_InventoryCache Magento_InventoryLowQuantityNotification Magento_InventoryLowQuantityNotificationApi Magento_InventoryMultiDimensionalIndexerApi Magento_InventoryProductAlert Magento_InventoryReservations Magento_InventoryReservationCli Magento_InventoryReservationsApi Magento_InventoryExportStock Magento_InventorySalesAdminUi Magento_CatalogInventoryGraphQl Magento_InventorySalesFrontendUi Magento_InventorySetupFixtureGenerator Magento_InventoryShipping Magento_InventoryShippingAdminUi Magento_InventorySourceDeductionApi Magento_InventorySourceSelection Magento_InventoryConfigurableProductAdminUi Magento_InventoryLowQuantityNotificationAdminUi Magento_InventoryBundleProductIndexer Magento_InventoryCatalogSearchBundleProduct Magento_InventoryCatalogSearchConfigurableProduct Magento_InventoryInStorePickupAdminUi Magento_InventoryInStorePickup Magento_InventoryInStorePickupQuote Magento_InventoryQuoteGraphQl Magento_InventoryVisualMerchandiser Magento_InventoryInStorePickupSalesAdminUi Magento_InventoryGraphQl Magento_InventoryAdvancedCheckout Magento_InventoryCatalogFrontendUi Magento_InventoryDistanceBasedSourceSelection Magento_InventoryInStorePickupApi Magento_InventoryInStorePickupGraphQl Magento_InventoryInStorePickupSales Magento_InventoryInStorePickupShipping Magento_InventoryRequisitionList Magento_InventoryInStorePickupFrontend Magento_InventoryConfigurableProductFrontendUi Magento_InventoryBundleImportExport
After enable run magento s:up command.
Step #5: Now you need to create Source. Go to admin side Store >> Inventory >> Source and create "default" source.
Step #6: Now you need to create Stocks. Go to admin side Store >> Inventory >> Stock and create "Default Stock". After assigning source if source will not assign then you need to assign it using SQL query that is provided on Step #8.
Step #7: Run below query
INSERT IGNORE INTO `inventory_source_item` (source_code, sku, quantity, status) select 'default', sku, qty, stock_status from (`cataloginventory_stock_status` as `lg` join `catalog_product_entity` as `prd` on((`lg`.`product_id` = `prd`.`entity_id`)))
Step #8: Run below query to link source to stock
INSERT INTO `inventory_source_stock_link` (`link_id`, `stock_id`, `source_code`, `priority`) VALUES ('1', '1', 'default', '1');
Step #9: Run reindex command
php bin/magento indexer:reset && php bin/magento indexer:reindex